Dne 3. září 1624 se stala v Brandýse nad Orlicí, kde od roku 1621 poskytoval Bratřím ochranu Karel starší ze Žerotína, druhou manželkou Jana Amose Komenského. Zemřela krátce po návratu do Lešna 27. srpna 1648 a zanechala 4 děti: Dorotu Kristinu (Dorota Kristina Komenská), Alžbětu (Alžběta Komenská), Zuzanu (Zuzana Komenská ml.) a syna Daniela (Daniel Komenský). Někteří badatelé soudí, že Komenský měl s Marií Dorotou pět dětí. Nejstarší údajná dcera Komenského Marie, jejíž jméno není však bezpečně zjištěno, se provdala roku 1644 a byla manželkou Kryštofa Cunrada, emigranta z Lužice a amsterodamského knihtiskaře. Usuzuje se podle Cunradovy žádosti o povolení tisknout Kancionál, kterou spolu s ním podepsala Marie Comenii.