Komenský vytvořil své rozsáhlé mnohorozměrné dílo v průběhu 17. století a dovršil v něm vývoj celé naší starší literatury. Uchovala se nám díla filozofická, pedagogická, teologická, politická, historická a básnická. Díky velkému časovému odstupu od vzniku jednotlivých děl naráží čtenář i literární historik na řadu potíží. Doposud není ukončena řada úkolů základního významu. Do dnešních dnů není ukončena evidence tisků a rukopisů, navíc stále jsou nalézány nové materiály různého stupně významu. Není ukončeno první souborné vědecké vydání díla, u cizojazyčných děl často chybějí překlady do češtiny buďto vůbec, nebo jsou silně zastaralé.
Národní literatura nebyla v Komenského době vázána na národní jazyk. Mezinárodním jazykem vzdělanců byla latina, v níž Komenský sepsal většinu svých děl, ačkoliv původně chtěl psát pouze česky a pro svůj národ. Po nuceném odchodu z vlasti se obsahem svých prací obrací ke stále širšímu lidskému společenství, z něhož ovšem českého čtenáře nikdy nevyjímá. Literární historikové 19. a zčásti 20. století chápali Komenského dílo především jako pramen poznání jeho osobnosti, leckdy s malým ohledem na dobu vzniku. Proto badatelé určovali ústřední téma Komenského díla podle úhlu svého pohledu. Pro někoho byl především filozofem, pro jiného teologem a pro dalšího pedagogem. Teprve ve druhé polovině 20. století je dílo studováno jako samostatný, především literární celek s ohledem na svět a vidění člověka 17. století.
Především tehdy neexistovala ostrá hranice mezi odbornou a krásnou literaturou. Proto v Komenského dílech odborných najdeme místa lyrická a naopak. Také originalita díla se v tehdejší době chápala jinak než dnes. Z jiných děl se přejímaly motivy i postupy jejich zpracování, aniž by nové dílo bylo pociťováno jako napodobenina. Proto je důležité dospět literárněvědnými metodami k určení autorů, jejichž dílem se Komenský inspiruje, či ze kterých přímo čerpá. Jen tak lze rozhodnout, k jakým ideovým proudům se hlásí, kde je skutečně originálním tvůrcem nových myšlenek – pouze cituje.
Ranou tvorbu Komenského dochovanou v tištěné podobě zahajují akademické disputace vydané v Herbornu, Smíšené problémy (Problemata) a Soubor sporných otázek (Sylloge). Nespokojen se stavem domácí vědy, plánuje Komenský již v dobách studií vytvořit pro českou vzdělaneckou obec rozsáhlé encyklopedické dílo – Divadlo veškerenstva věcí (Theatrum a Amphitheatrum, jež by se stalo základem příštího pozvednutí české kultury na evropskou úroveň.
Zároveň počíná shromažďovat materiál k velkému česko-latinskému slovníku Poklad českého jazyka (Thesaurus) a ke sbírce přísloví, pořekadel a rčení – Moudrost starých Čechů (Moudrost). Plánuje i vydání encyklopedie biblické – Manuálník aneb Jádro celé Biblí svaté (Manuálník). Prací souvisejících různým způsobem s Biblí vytvořil později několik. Jsou to Dvéře aneb Uvedení do Písma svatého (Introductorium in Biblia), Výtah z Nového zákona (NT epitome), Věnování turecké bible (Bibliorum Turc. dedicatio) a Poznámka o anglickém překladu Nového zákona do turečtiny (De Turcica versione). O šíři záměrů mladého Komenského svědčí i další, dnes nezvěstné spisy O starožitnostech Moravy (De antiquitatibus) a O původu Žerotínů (De origine). V této době zpracovává i novou mapu Moravy (Moraviae delineatio). Jako duchovní správce bratrského sboru ve Fulneku se důkladně zabýval kazatelstvím, a to kromě praktické přípravy i jeho teorií v díle Zpráva a naučení o kazatelství (Naučení o kazatelství).
Vedle vytvoření základní vědecké literatury hodlal rozvíjet i české básnictví ve směru časoměrného verše. O tom napsal v dílech O poezi české (O poezi) a Malé poznamenání o verších vhodných pro českou poezii (De metris adnotatiuncula). Z antického písemnictví přebásňuje verše Dionysia Catona pod názvem Moudrého Catona mravná poučování (Cato). Komenský nemohl ignorovat sociální a politické otázky. Na zostřující se katolické výpady proti nekatolíkům reaguje ostrou polemikou Retuňk proti Antikristu. Tíživé sociální poměry fulneckých obyvatel jej přiměly k sepsání knihy ve formě pěti fiktivních dopisů Listové do nebe (Listové).
Ponuré období pronásledování a skrývání nastalé po bělohorské porážce Komenského neumlčelo. Některá díla vytvořená v tomto období naopak patří k základům české literatury, především Labyrint světa a ráj srdce (Labyrint). Ne zcela přesně se spisy z těchto let nazývají utěšné. K nim náleží Nedobytedlný hrad, Přemyšlování o dokonalosti křesťanské (Přemyšlování o dokonalosti), Truchlivý I, O sirobě, Pres boží (Pres) a Truchlivý II. Setkává se také s autory prorockých vizí náboženského a politického obsahu. Tyto revelace dodávaly českým emigrantům naději v obrat politických poměrů a návrat do vlasti. Komenský jim je zpřístupnil pod názvy Vidění a zjevení Kryštofa Kottera (Vidění Kottera) a Vidění panny Kristiny Poniatovské (Vidění Poniatovské). Vztah k proroctvím ovlivní Komenského hluboce na celý život a způsobí mu nejednu nesnáz.
Po odchodu do exilu roku 1628 se Komenského literární tvorba nutně mění. Autorův zájem se přesunuje do oblasti vědecké práce. Český jazyk ani zřetel k českému prostředí při tvorbě ještě neopouští, neboť věří v brzký návrat do vlasti.
V oblasti teologie neopouští Komenský tradice své církve a zabývá se především náboženskou praxí ve spisech O cvičení se v pobožnosti pravé (Praxis I. a Praxis II.), Katechismus, Počet z víry (Confessio) a Dávné křesťanské obecné náboženství (Uralte Religion). Vydává a do latiny překládá církevní řád Svod nauky a církevního řádu v Jednotě bratří českých (Ratio disciplinae), sepisuje cenný historický spis věnovaný dějinám bratrské církve Historia o těžkých protivenstvích církve české (Historia o protivenstvích), koncipuje povzbuzující leták Polnice milostivého léta (Bazuine) i konkrétnější podobu obnovy kultury společenského života v Čechách. Alegorii volí v případě Kšaftu umírající matky, Jednoty bratrské (Kšaft), který je reakcí na podepsání vestfálských dohod v roce 1648. S touto krutou a beznadějnou situací se Komenský vyrovnává i ve spisech Truchlivý III a Truchlivý IV.
Neodmyslitelnou součástí kněžského úřadu bylo kazatelství. Pečlivě uchovávaná kázání chtěl Komenský odkázat synu Danielovi, ale téměř všechna vzala za své při požáru Lešna. Ta dochovaná svědčí o originálním výběru biblických textů i o tvořivém přístupu autora k jejich výkladu. Patří k nim O vymítání ďábelství (O vymítání), Kázání vánoční, Historia o umučení, Kázaní XXI, O tajemstvích smrti ... Spasitele světa (Kázání o tajemstvích), Spiegel guter Obrigkeit (Spiegel), Enoch, Matuzalém, Kázání pohřební nad ... Pavlem Fabriciem (Kázání pohřební) a Boj s Bohem modlitbami (Boj s Bohem).
V exilu pokračuje i v básnické činnosti. Zatímco v úsilí o uměleckou literaturu užívá časoměrného verše, v náboženské praxi duchovních písní se přiklání k verši přízvučnému. Dovršení dvousetletého vývoje bratrské písně představuje Kancionál. Komenský jej obohacuje nejen vlastní tvorbou, ale i překlady z němčiny a polštiny v díle Nové písně některé (Nové písně).
Zejména v posledních desetiletích svého života věnuje Komenský mnoho času vedení náboženských sporů, a to na úkor jiné práce. Tyto spory daly vznik polemickým spisům Na spis proti Jednotě bratrské ohlášení (Ohlášení), Cesta pokoje, Odpověď na pojednání o otázce, zda Pán Ježíš vstal z mrtvých vlastní silou (Antwort), Napravo i nalevo (A dextris), Posouzení soudu Valeriana Magni (Judicium Valeriani Magni), Soud Ulricha Neufelda (Judicium Neufeldii), posouzení sporu o obřad přijímání (De controversia), Obhajoba pověsti a svědomí proti pomluvám Mikuláše Arnolda (Vindicatio famae), O mírových snahách mírotvorců (De irenico irenicorum), Opakovaná výstraha křesťanům před opakovanou sociniánskou nabídkou smíru (De iterato Sociniano irenico), Zrcadlo sociniánství (Socinismi speculum), Napomenutí třetí (Admonitio tertia) a O horlivosti bez umění a lásky napomenutí bratrské (De zelo). Nicméně díky jednomu z těchto sporů se nám dochovala část autobiografických vzpomínek ve spise Pokračování v bratrském napomínání (Continuatio admonitionis).
Velmi mnoho úsilí překladatelského a vydavatelského vložil Komenský do rozšiřování revelací, čili výše již zmíněných proroctví boží vůle tlumočené ústy vyvolených jedinců. Tomu sloužily jeho spisy Světlo v temnotách (Lux in tenebris), Popis zjevení Kryštofa Kottera, Kristiny Poniatowské a Mikuláše Drabíka (Historia Revelationum), Noční vidění Štěpána Meliše (Visiones Melisch), Výtah z Božích zjevení (Revelationum epitome) a Světlo z temnot (Lux e tenebris). Poměr Komenského k proroctvím, který poškodil jeho prestiž především v době osvícenství, nebyl dosud uspokojivě vyložen (tradičně je opomíjena jejich úloha v kultuře 17. století). Pro Komenského měly revelace význam i v některých politicky motivovaných dílech, kterým věnuje svůj literární čas především po vestfálském míru, jak o tom svědčí spisy Tajná řeč Nathana k Davidovi (Sermo secretus), Řeč ještě tajnější (druhá) (Sermo secretior) a Chvalořeč na Karla Gustava (Panegyricus).
Nejvíce ovšem proslavilo Komenského dílo určené pro školu a výchovu. Jeho světový úspěch způsobil, že obecné povědomí zná Komenského především jako „učitele národů“. Prvotina určená školní výuce Poučky pro snadnější mluvnici (Grammaticae praecepta) je dnes nezvěstná. V dobách před odchodem do exilu zaujímají v pracovním plánu Komenského hlavní místo úvahy nad organizací škol, vyučování a učebnic, které měly vést k vypracování díla Ráj církve, rozměrného souboru teoretických plánů i praktických spisů určených k obnově českého školství.
Plán se v jeho celku splnit nepodařilo, ale některé dokončené fragmenty přinesly výborné výsledky, především v proslulém spisu Didaktika, který se novátorským způsobem snažil položit výchovu na systematický vědecký základ. Světově ojedinělou práci představuje i příručka pro výchovu nejmenších dětí Informatorium školy mateřské. Komenského pedagogické i reformátorské úsilí v různých zemích provázela tvorba nových učebnic, především jazykových. Jazykové výuce se věnoval i teoreticky spisem Nejnovější metoda jazyků (Methodus), ale nejen to sepsal nebo plánoval vytvořit pomůcky pro výuku jednotlivých školních disciplín. Pro dějiny byla určena Historie světská (Historia prophana), pro filozofii První filozofie (Prima philosophia), pro geometrii Geometria a pro fyziku Přehled fyziky (Physica). Konstituoval školní řády Zákony dobře uspořádané školy (Leges scholae) a Pravidla chování (Praecepta morum) i moralistní rukověti Strůjce štěstí (Faber), Pravidla života (Regulae vitae) a Fortius znovu naživu (Fortius). Skutečně světového ohlasu dosáhla učebnice pro výuku latiny Dvéře jazyků otevřené (Janua lingvarum). Na jejím základě vypracoval i učebnice Předsíň (Vestibulum) a Síň (Eruditio I – III). Dovršením metody použité v této učebnici je nejúspěšnější spis Komenského vůbec, obrázková učebnice – encyklopedie Svět vnímatelných věcí v obrazech (Orbis). Pro školní účely se stal Komenský i dramatikem. Kromě hry Diogenés Kyrik znovu naživu (Diogenes) a Praotec Abraham (Abrahamus) zpracoval pro školní divadlo i látku Januy v souboru divadelních her Škola jako hra (Schola ludus). Po definitivním usazení v Amsterdamu přijal Komenský návrh městské rady a v krátké době připravil k tisku velmi rozsáhlý soubor svých školských prací nazvaný Veškeré didaktické spisy (Opera didactica omnia – ODO). Šlo o vůbec první souborné vydání spisů českého autora. Jedním z ústředních motivů Komenského díla vůbec se stala idea pansofie (vševědy), předpokládající vytvoření společné základny veškerého lidského vědění roztříštěného do mnoha oborů. Pomocí pansofických učebnic a příruček by se každý žák mohl lehce a snadno dobrat k takovému pravému základu vědění, který by jej zároveň i pozitivně mravně orientoval. Vytvoření pansofie je Komenskému podmínkou generální reformy výchovy a vzdělání, a tím i podmínkou pro celkové zlepšení lidské situace. Náš autor věnoval pansofickým ideám velké myšlenkové úsilí, které můžeme sledovat v dokončených pansofických spisech Předehra k pansofii (Prodromus) a Cesta světla (Via lucis), v pansofických náčrtcích Dvéře věcí (Pansophiae seminarium).