Své požadavky na vyučovací metodu předkládá Komenský ve svém díle na několika místech, např. v české i latinské verzi Didaktiky (Didactica a Didactica magna), v Nejnovější metodě jazyků. Její výklad rozvádí do značných podrobností, zachycených v několika desítkách zásad. Východiskem mu je všeobecná harmonie (panharmonie), jež vládne v přírodě, odkud se přenáší i na člověka. Je tedy třeba si při vyučování počínat tak, aby se nenarušovala shoda s přírodou, s přirozeností. To, co se ve škole (ostatně nejenom ve škole, nýbrž při výchově vůbec) děje, musí být přiměřené dětskému chápání, schopnostem těch, kteří jsou vyučováni a vychováváni. Při výkladu učiva je třeba postupovat od věcí známých k neznámým, od jednodušších ke složitějším tak, aby jedno vyplývalo z druhého. Vyučování má být názorné, žáci by měli mít možnost všechno, o čem se učí, si prohlédnout a vzít do ruky, aby si mohli všechno ověřit vlastními smysly. Není-li to možné, je třeba si alespoň pomoci zobrazením. Při jazykovém vyučování pak je třeba učit napřed věcem a až potom slovům, neboť slova jsou bez vztahu k věcem, jež jsou slovy pojmenovány, pouze prázdnými zvuky, jaké dovedou vydávat, např. někteří ptáci. Na tomto principu jakéhosi navazování slov na osvojené věci je založena slavná Komenského učebnice Dvéře jazyků (Janua linguarum). Důležitou zásadou je, že žákova pozornost se nemá tříštit, že je třeba se soustředit na jednu věc a až po jejím osvojení přecházet k další. Výklad má být co nejstručnější a jasný, má využívat rozboru (analýzy) pro seznámení s částmi probíraného předmětu, skladebného postupu (syntézy), který vede k dokonalejšímu poznání, a srovnávání (synkrize), jehož výsledkem je nejdokonalejší poznání a pochopení věci a jejího smyslu.
V Komenského pojetí má být škola pro žáka příjemnou hrou. Probíráme-li se jeho didaktickou teorií, vidíme, že tu běží o to, vtáhnout žáka do dění, způsobit, aby veškeré vyučování bylo – řečeno dnešním způsobem a jazykem – dobro- družstvím poznání, jež by žáka lákalo, a nikoli odpuzovalo. Je to cesta k učení rychlému, snadnému a spolehlivému, na jejím konci jsou trvale osvojené vědomosti a dovednosti.