Nazývá se též kritickou edicí, protože se zpracovává na základě kritiky vydávaného textu, to znamená na základě jeho důkladného studia a rozboru, jakož i srovnání jeho různých dostupných verzí (ve vědecky zdůvodněném výběru verzí ke srovnání použitých). Vědecké vydání se pořizuje především pro badatelské účely, je proto vybaveno vědeckým poznámkovým aparátem. Ten badatelům poskytuje zejména údaje o změnách, které v textu provedl autor a další vydavatelé (příp. opisovači), ve druhé skupině poznámek (tzv. komentář) jsou informace o pramenech, z nichž autor při práci na díle čerpal, určují se tu citáty ze spisů jiných autorů a podle okolností se uvádějí další údaje, které mají uživatele edice orientovat při interpretaci textu. Takto vybavené a zpracované vydání je rovnocenné původnímu textu, jak byl napsán, příp. vydán samotným autorem.
Komenského spisy byly vědecky vydávány jednotlivě už v 19. století (např. Velká didaktika, Přehled fyziky). Dílo významných osobností v dějinách vědy a kultury, jakou je bezesporu Jan Amos Komenský, je však svého druhu kulturní památkou a jako s kulturní památkou je třeba s ním zacházet. Vědecká vydání jsou jednou z forem péče o odkaz velkých myslitelů. Na jedné straně jsou výrazem úcty a ocenění, na druhé umožňují účinnější ochranu původních vydání ve starých tiscích a původních rukopisů, s nimiž se v knihovnách musí pracovat podle zvláštních zásad. K tomu všemu je však zapotřebí vědeckých vydání souborných. O takové vydání celého díla J. A. Komenského se dnes pokoušíme podruhé. Prvním pokusem byla nedokončená edice Veškeré spisy Jana Amosa Komenského; vydával ji Ústřední spolek Jednot učitelských na Moravě, ze 30 předpokládaných svazků jich bylo vydáno v letech 1910 – 1938 devět. Dnes vychází v nakladatelství Academia v Praze souborná edice Johannis Amos Comenii Opera omnia. Dílo Jana Amose Komenského je rozvrženo do přibližně 60 svazků, z nichž je zatím vydána zhruba jedna čtvrtina. Na přípravě dalších svazků pracuje Ediční a interpretační tým ve Filozofickém ústavu České akademie věd.