Trnava je poprvé doložena v listině z roku 1211. Již v roce 1238 získala práva svobodného královského města. V letech 1432 – 1435 byla přítomna ve městě husitská posádka. V letech 1541 – 1820 zde sídlil arcibiskup – primas Uher. Od roku 1635 – 1777 je univerzitním městem postupně se všemi čtyřmi fakultami, roku 1792 sídlo Slovenského učeného tovaryšstva. Trnava se stala centrem prvního spisovného jazyka Slováků – bernoláčtiny. Po přestěhování univerzity do Budína (1777) a arcibiskupství do Ostřihomi (1820) význam města poklesl.
Komenského první cesta do sedmihradského Blatného Potoka roku 1650 vedla také přes Trnavu. V Trnavě pobyl tři dny u tamnějšího reformovaného správce duchovního Canizsaye.