Původní slovanské sídliště získal Řád německých rytířů v roce 1231, v 14. a 15. století se město stalo členem obchodního spolku hanza. Dějiny města provázejí spory a boje mezi členy Řádu německých rytířů a polskými obyvateli. První i druhý toruňský mír přinesly Polsku územní zisky (západní Prusko, Gdaňsko). Toruň připadla Polsku, východní Prusko se stalo polským lénem. V období reformace se v městě usadili jezuité. Do dalších osudů města, které v 16. století zaznamenalo značný hospodářský vzestup, zasáhli i Švédové: válka švédsko-polská (1655 – 1656) město silně poškodila. Spory mezi katolíky a protestanty trvaly a přinášely obyvatelům i městu škodu. Město i nadále bývalo předmětem politických jednání mezi Pruskem, Rakouskem i Ruskem. Místní univerzita má v názvu jméno významného toruňského rodáka Mikuláše Koperníka (1493 – 1543), astronoma, matematika a lékaře, autora sluncestředné teorie výkladu vesmíru. Rukopis jeho díla O obězích nebeských sfér (De revolutionibus orbium coelestium) si Komenský přinesl ze studií v Německu.
Komenský pobýval v Toruni několikrát: na protestantských školách zde studovali mládenci Jednoty bratrské, na jejichž prospěch studijní i mravní Komenský jako sekretář sboru dohlížel. V roce 1645 se účastnil Colloquia charitativa, které mělo řešit neshody mezi katolíky a protestanty. Jednání však nebyla úspěšná a Komenskému vynesla navíc vážné výtky Ludvíka de Geera.