Spory mezi Švédskem a Polskem o pobaltské oblasti a zejména nároky polského krále Jana Kazimíra na švédskou korunu vyústily roku 1655 ve válečné tažení švédského krále Karla X. Gustava do Polska. Nespokojenost s politikou Jana Kazimíra rozdělila polskou veřejnost už před švédským vpádem na dva tábory. V protikrálovské opozici se ocitli nejen nekatolíci, kteří viděli ve švédském králi přirozeného spojence a ochránce před rekatolizačním tlakem, ale i část polské katolické šlechty.
Zpočátku se téměř bez boje podrobila Karlu Gustavovi skoro celá země. Krutým postupem Švédů byl vzbuzen odpor lidových mas, podněcovaný i efektivní katolickou propagandou. Ve všeobecném povstání proti Švédům napadli polští povstalci v dubnu 1656 Lešno. Pro město i osobně pro Komenského skončil tento útok tragicky. Město bylo dobyto a vypáleno.
Komenskému se podařilo uprchnout z města a přes hranice do Slezska, kde nalezl útočiště u pana Václava Theodora z Budova. Do Polska se pak už nikdy nevrátil. Na útěku zachránil jen část svých rukopisů, o všechen svůj majetek, především rukopisy a knihovnu, přišel. Švédsko-polská válka skončila v roce 1660 uzavřením míru v Olivě. Polský král Jan Kazimír se zřekl všech práv na švédský trůn, Švédové si ponechali Livonsko a byla potvrzena nezávislost Pruska.