Město bylo založeno v roce 1252. Původně leželo na ostrově Staden, později se však rozšířilo i mimo něj. Za vlády Gustava Vasy (16. století), který byl zakladatelem národního švédského státu, se Stockholm začal rozvíjet jako politické, hospodářské a kulturní středisko země.
Komenský jednal v letech 1642 a 1646 ve Stockholmu s královnou Kristinou a s kancléřem Axelem Oxenstiernou.