Roku 1604 rozpoutal ve spojení s Turky a uherskými stavy povstání proti Habsburkům. Jeho povstání se nepodařilo potlačit a Matyáš (později císař a uherský král) musel roku 1606 uzavřít se Štěpánem Bočkajem vídeňský mír, kterým byla potvrzena náboženská svoboda v Uhrách. Bočkaj byl uznán sedmihradským knížetem