Navštěvoval bratrskou školu v Kožminku a poté studoval na kalvínských univerzitách ve Štrasburku a Basileji. V mládí pobýval v Paříži, Florencii, Londýně i Praze a hovořil plynně pěti jazyky. Jeho zásluhou se rozvíjela lešenská latinská škola, založená již roku 1555 jeho dědem Rafaelem IV., reformovaná roku 1624 na vyšší gymnázium, jehož posláním bylo připravit měšťanské a šlechtické synky na případná zahraniční studia.
Rafael Leszczyński poskytl útočiště stoupencům Jednoty bratrské, kteří se po vyhlášení Obnoveného zřízení zemského rozhodli v letech 1627/28 opustit svou původní vlast. Mezi moravskými exulanty, jež v únoru 1628 přišli do města, byl také J. A. Komenský se svou rodinou.