Území města bylo sporadicky osídleno od starší doby kamenné, trvalé slovanské osídlení doloženo od 8. a 9. století. Nejstarší písemné doklady jsou z let 1233 a 1247. Městská práva získal Prešov v roce 1299 a v roce 1374 se stal svobodným královským městem a střediskem řemesel a obchodu. Za stavovských povstání v 17. a na počátku 18. století město značně utrpělo. Hospodářské zlepšení nastalo až koncem 18. a počátkem 19. století, kdy se Prešov stal sídlem Šarišské župy. V revolučních letech 1848 – 1849 bylo střídavě drženo vojskem císařským a maďarským. V únoru 1849 jej obsadili slovenští dobrovolníci. Po 1. světové válce, 16. června 1919, byla ve městě vyhlášena Slovenská republika rad.
Na svých cestách z Lešna do Blatného Potoka navštívil Komenský Prešov třikrát, a to: 10. května 1650, 20. května 1652 a v červnu 1654.