Původní slovanské hradiště z 11. století při tzv. jantarové stezce se úspěšně rozvíjelo díky své poloze, avšak po útoku Tatarů v roce 1241 byl Přerov takřka zničen. S pomocí a péčí Přemysla Otakara II. byl obnoven a roku 1256 se stává městem. V husitských válkách byl dobyt a krátce plnil funkci husitského sídla. Koncem 15. století se stává majetkem rodu Pernštejnů, kteří podpořili hospodářský rozvoj města systémem úlev a výsad. Rozvoj řemesel se soustřeďoval v podhradí přerovského hradu a skýtal možnost i obchodu. Majetek města vzrostl natolik, že se bylo posléze schopno vykoupit z vlastnictví Pernštejnů. Nicméně statut města poddanského (jímž se Přerov stal na konci 14. století, předtím byl královským městem), nedovoloval, aby bylo zapsáno v zemských deskách. Majitelem Přerova se v roce 1596 stává moravský rod Žerotínů. Důležitý byl především Karel starší, který ovlivňoval život početné bratrské obce nejen svou vzdělaností, ale i svým významným společenským a politickým postavením. Usiloval o to, aby bratrská škola (založená v roce 1584) dosáhla úrovně známé bratrské školy v Ivančicích, a to tím, že se snažil o příznivé obsazení učitelských míst i podporu studujících. Do dalších osudů města zasáhla třicetiletá válka, v roce 1642 bylo město dobyto Švédy, vypáleno a pak následovala řada zničujících požárů a epidemií. Válečné události brzdily přirozený rozvoj města i v průběhu 18. století, ke zvratu dochází až v 2. polovině 19. století, kdy byla dovedena železniční doprava až do Přerova a umožnila rozvoj průmyslu.
V roce 1608 začal na bratrské škole v Přerově studovat J. A. Komenský. Vliv na jeho studijní úsilí měl nejen Karel starší ze Žerotína, ale i učitelé Jan Lánecký a Tomáš Dubinus, kteří ovlivnili výběr školy pro jeho další studia. Po návratu z Heidelberku v roce 1614 zahájil Komenský v Přerově svou učitelskou práci a neustaly ani styky s Karlem starším. V roce 1622 podlehla v Přerově Komenského první žena Magdalena Vizovská s dvěma dětmi následkům morové epidemie poté, co se sem uchýlila před španělskými vojsky drancujícími Fulnek.
Osobnost a dílo J. A. Komenského poutala živou pozornost přerovského učitele Františka Slaměníka, který sbíral díla Komenského už v šedesátých letech 19. století. Inicioval nejen založení muzea (roku 1888), ale pěstoval i styky se zahraničními komeniology (Comenius-Gesellschaft v Berlíně). Ze základu jeho sbírky vznikl postupně cenný fond komenian přerovského muzea, kterým se tato instituce řadí k nejvýznamnějším (autografy dvou dopisů Komenského, jeho svatební smlouva s Magdalenou Vizovskou a četná původní vydání jeho děl). Komeniologická odborná činnost se zaměřuje na pedagogickou část odkazu Komenského, pozoruhodné jsou další sbírky k dějinám českého školství (učebnice, školní pomůcky apod.).