Podle hypotézy Františka Vyskočila odešla Markéta po smrti rodičů v roce 1605 ke starší sestře Zuzaně (a Jan proto k tetě Zuzaně Nohálové do Strážnice). Markéta Komenská byla druhou ženou Pavla Bozkovského, měšťana v Uherském Brodě. Po jeho smrti (roku 1622) se v roce 1627 provdala za havřického fojta Martina Kožuru.