První písemná zmínka o „Marcburgu“ jako sídlu durynského lantkraběte pochází z let 1138-39, v roce 1222 sídlo získalo městská práva. V roce 1527 zde založil Filip Hessenský první protestantskou univerzitu. O dva roky později se v Marburgu konala veřejná náboženská disputace mezi Martinem Lutherem a Filipem Melanchthonem na jedné straně a Ulrychem Zwinglim a basilejským reformátorem Johannesem Oekolampadem. Rozhovory skončily teologickými rozpory.
Po dvou letech studia opouštěl Komenský na jaře 1613 Herborn a vydal se na cestu po Německu. Cestou se zastavil v Marburgu, kde poslouchal profesory Rudolpha Goclenia a Johanna Combachia.