Od Burianovy smrti (roku 1603) bydlela rodina v Přerově. Po svatbě dne 19. června 1618 odešla Magdalena s Komenským do Fulneku (jejich svatební smlouva je uložena v Muzeu Komenského v Přerově). Koncem roku 1621 musel Komenský z Fulneku uprchnout, skrýval se asi na moravských žerotínských panstvích, místa jeho pobytu však nejsou historicky dokumentována. Magdalena se v té době uchýlila k matce do Přerova, patrně už se dvěma dětmi, se synem, asi dvouletým, a s novorozeným dítětem. V době skrývání napsal Komenský své ženě Magdaleně spisek Přemyšlování o dokonalosti křesťanské. Knížku manželce poslal spolu s dopisem z 18. února 1622, který je perlou české manželské korespondence. Magdalena a obě děti zemřely v Přerově roku 1622, patrně na mor.