Jedno z nejstarších nizozemských měst. V roce 1200 získalo městská práva, dobou hospodářského rozkvětu bylo 14. – 17. století, kdy se město stalo významným střediskem soukenictví.
Komenský navštívil Leiden roku 1642 na své cestě z Anglie do Švédska. Byl zde přijat profesorem Adrianem Heereboordem, který ho představil svým kolegům i duchovním ve městě. V Leidenu byl v roce 1647 vydán spis Přehledná historie pronásledování české církve (Synopsis persecutionum).