Ves je zmíněna v listinném falzu k roku 1261 jako majetek vizovického kláštera cisterciáků. Další písemné záznamy ji označují jako majetek světlovského panství. V průběhu 15. a 16. století se v Komni zakupovala moravská šlechta (Šternberkové, Cimburkové), významným pánem byl Burian z Vlčnova, který roku 1547 vybavil poddané v Komni jistým uvolněním robotních povinností, což potvrdilo zemské právo při sporu Komňanských s Janem Jetřichem z Kunovic na konci 16. století.
Tehdy bylo v Komni registrováno 62 usedlých, svobodný zákupní fojt a mlynář. I Komňa, podobně jako Nivnice, Strážnice a Uherský Brod, byla postihována vpády útočníků od jihovýchodu, zvláště těžký byl vpád bočkajovců v roce 1605. Až do nové doby si uchovala charakter horské obce. Z Komně pocházel Komenského otec Martin, syn fojta Jana Segeše.
O propagaci myšlenek J. A. Komenského usiloval od roku 1904 Spolek k uctění památky J. A. Komenského. Pomník J. A. Komenského (autor Julián Pelikán) byl v obci odhalen v roce 1950. Od r. 1992 je v obci Památník J. A. Komenského.