Kolín patří k nejstarším německým městům. Byl založen Římany v 1. století (Colonia Agrippina ), ve 4. století jej dobyli Frankové. Po rozdělení franské říše připadl roku 870 říši východofranské, od roku 923 náležel k německé říši. Kolínští arcibiskupové zastávali od roku 1021 úřad kancléřů tzv. Svaté říše římské národa německého a patřili ke kurfiřtům (volitelům krále). V letech 1475 – 1794 byl Kolín svobodným říšským městem, v letech 1794 – 1814 přešel pod francouzskou správu a roku 1815 byl připojen k Prusku.
Komenského prázdninová cesta do Nizozemí vedla v roce 1613 přes Kolín nad Rýnem.