Osada byla založena v roce 1253, od roku 1254 jí byla udělena městská práva. V 17. století bylo město krátce v držení Švédů, poté náleželo Německu až do roku 1919. Následkem Versailleské smlouvy se jej Německo vzdalo, od r. 1923 bylo město litevské, v r. 1939 německé, od r. 1945 sovětské a od r. 1991 opět litevské.
V Klajipedě působil Komenského zeť Petr Figulus Jablonský jako dvorní kazatel v letech 1666 – 1670 (zemřel zde 12. ledna 1670). Figula si osobně vyžádal braniborský kurfiřt na doporučení knížete Bogusława Radziwiłła. Jeho úkolem bylo smířit znesvářené luterány a protestanty, což se mu podařilo. Založil v Klajipedě školu.
Komenský se v dopisech Mikuláši Drabíkovi (6. a 20. ledna 1667) svěřuje s úmyslem přesídlit do Klajipedy k Petrovi a tam se konečně v klidu a za přátelské Petrovy účasti soustředit k dokončení Obecné porady (Consultatio).