Je autorem mnoha latinsky psaných literárních děl, v nichž se kriticky vyjadřuje k aktuálním soudobým problémům (morálka církevních činitelů, způsob výchovy a výuky, uspořádání křesťanského státu jako prostoru lidské existence). Jeho literární styl je živý a barvitý, tomu odpovídá zvolená forma – drama, rozhovor, alegorie. Je mu připisováno autorství tří spisů, označovaných jako manifesty rosenkruciánství (Fama Fraternitatis, Confessio Fraternitatis, Chymische Hochzeit). Komenský sledoval Andreaeovy práce s velkým zájmem, usiloval o osobní kontakt. Koncem dvacátých let obdržel Komenský od Andreae dvě zdvořilé, nicméně rezervované odpovědi reagující na jeho projevený zájem pokračovat v činnosti Bratrstva růžového kříže. Když vyhlásil Andreae koncem čtyřicátých let pátrání po jakémkoliv dochovaném opise svého staršího, dosud nevydaného literárního dialogu Theophilus (pojednávajícího o nápravě křesťanské víry, života a výchovy; dva citáty z Theophila použil Komenský jako motto u obou verzí své Didaktiky), poskytl mu Komenský prostřednictvím Magnuse Hesenthalera svůj osobní exemplář a Theophilus tak mohl vyjít v roce 1649 tiskem. Andreae zpočátku neměl valné mínění o Komenského pansofii, později však svůj soud opravil. Chtěl se seznámit s Komenského poznámkami k Theophilovi, Hesenthaler je však nepovažoval za natolik závažné, aby mu je postoupil.
Z díla:
Die chymische Hochzeit des Christian Rosenkreuz anno 1459, 1616
Peregrini in patria errores, 1618
Menippus, sive dialogorum satyricorum centuria, 1617
Reipublicae Christianopolitanae descriptio, 1619
Turris Babel sive judicorum de fraternitate Rosaceae Crucis chaos, 1619
Theophilus, sive de Christiana religione sanctius collenda, 1649