Základní vzdělání dostal na obecné škole v Petrovci, gymnaziální studia absolvoval v Sarvaši, vysokoškolská studia teologie, filozofie a filologie v Bratislavě a v Lipsku. Studia ukončil dizertační prací o J. A. Komenském, jehož osobnosti pak věnoval pečlivou a důslednou pozornost po celý život. Působil jako učitel na bratislavském lyceu, jako profesor na katedře církevních dějin na teologické evangelické fakultě v Jurjevu (Dorpat, dnešní Tartu, Estonsko). Je zakladatelem soustředěného a systematického studia díla a osobnosti J. A. Komenského. Cílevědomě pátral po komeniánech v archivech i knihovnách po celé Evropě, objevil několik spisů Komenského a byl jejich pilným editorem. Je autorem monografie i dílčích studií o Komenském i osobnostech z jeho okruhu a blízkosti (Andreae, Alsted, Bisterfeld, Jablonský aj.). Byl zakladatelem a pravidelným přispěvatelem prvního komeniologického časopisu Archiv pro badání o životě a spisech J. A. Komenského (1910 – 1940, sešit 1-15). Od roku 1910 byl hlavním redaktorem Veškerých spisů J. A. Komenského. Spolupracoval s komeniology celé Evropy, především v Německu (Comenius-Gesellschaft v Lipsku a v Berlíně). Jeho výklad Komenského práce i osobnosti spočíval na znalosti především pedagogických děl. Komenského základní dílo Obecná porada bylo nalezeno teprve po smrti Jána Kvačaly.
Základní práce:
Über J. A. Comenius’ Philosophie, insbesondere dessen Physik, Leipzig 1886
Die pädagogische Reform des Comenius in Deutschland bis zum Anfäge des XVII. Jahrhunderts. 2. sv. Berlin 1903, 1904.
Johann Amos Comenius, sein Leben und seine Werke. Wien, Leipzig 1892, dizertační práce
Edice Komenského korespondence:
Korrespondence J. A. Komenského I. Listy Komenského a vrstevníků jeho. Praha 1989
Korespondence J. A. Komenského II. Listy Komenského a vrstevníků jeho. Zprávy o životě jeho ze současných pramenů. Menší latinské spisky některé. Praha 1902
Analecta Comeniana. In: Archiv... 1, 1910, s. 10-27.