V roce 1619 byl odmítnut většinou stavů a českým králem se stal Fridrich V. Falcký. Po porážce stavovského povstání nechal představitele stavů popravit (1621), roku 1627 vydal Obnovené zřízení zemské, kterým byla omezena pravomoc sněmu, nastolen tvrdý absolutismus a důsledná rekatolizace země (hromadná emigrace nekatolíků). S pomocí Maxmiliána Bavorského a zásluhou Albrechta z Valdštejna dosáhl značné vojenské úspěchy v třicetileté válce. Po vydání restitučního ediktu v roce 1629 propustil ze služeb Albrechta z Valdštejna, ale po saském vpádu do Čech jej povolal zpět, načež jej v únoru 1634 nechal jako zrádce popravit. Roku 1635 uzavřel Ferdinand II. pražský mír s kurfiřtem Janem Jiřím Saským.