Berlín vznikl okolo roku 1307 sloučením dvou osad Berlína a Kolína, založených kolem roku 1230. V roce 1486 se stal stálým sídlem braniborských kurfiřtů, od roku 1709 pruských králů. V 18. století začaly v Berlíně vznikat četné manufaktury, po vítězné prusko-francouzské válce (1870 – 1871) nastal horečný rozvoj průmyslu. V roce 1871 se Berlín stal hlavním městem Německa. Po 2. světové válce byl Berlín administrativně rozdělen na čtyři sektory – americký, britský, francouzský a sovětský. Roku 1961 byla mezi východním a západním sektorem Berlína vytyčena hranice, tzv. Berlínská zeď, která město rozdělovala až do roku 1989, kdy se po znovusjednocení Německa stal Berlín hlavním městem celého státu.
Roku 1625 jednal Komenský v Berlíně s Ladislavem Velenem ze Žerotína, vůdcem moravské emigrace.V roce 1626 strávil Komenský v Berlíně několik měsíců, patrně v souvislosti s chystaným odchodem Bratří do vyhnanství.
Do Pruska a konkrétně do Berlína se uchylovali čeští exulanti pro víru i v 18. století. Založili obec Rixdorf, dnešní berlínskou čtvrť Neukölln. Zde sídlí Německá společnost Komenského (Deutsche Comenius-Gesellschaft).