Osídlení je známo od 8. století, ve 12. století zmíněn jako rybářská osada, roku 1300 získal městská práva, ve 14. – 15. století člen hanzy (sdružení obchodních měst). Během nizozemské revoluce v 16. století nejvýznamnější nizozemské město. Od 17. století je centrem světového obchodu a financí (1609 založena banka), sídlem Východoindické a Západoindické společnosti, od roku 1795 hlavním městem Batavské republiky, respektive od 1814 hlavním městem Nizozemského království.
Komenský navštívil Amsterdam poprvé v roce 1613 na cestě z Herbornu do Heidelbergu, podruhé v roce 1626 při druhé zahraniční misi ve službách Jednoty bratrské (Berlín – Haag – Amsterdam). O rok později byla bratry Elzeviery v Amsterdamu vytištěna Komenského mapa Moravy. Vydání mapy vycházelo vstříc očekávanému zájmu o českou zemi ve středu Evropy. Potřetí zavítal Komenský do Amsterdamu v roce 1642 na cestě z Londýna do Elblągu. Po vypálení Lešna v roce 1656 přijal Komenský pozvání Vavřince de Geera a usadil se i s rodinou v Amsterdamu, kde poté prožil posledních 14 let svého života.